Shinichi Kudou, siswa SMA dengan bakat detektif yang luar biasa, terkenal karena berhasil memecahkan berbagai kasus sulit. Suatu hari, ketika Shinichi melihat dua pria mencurigakan dan memutuskan mengikutinya, ia tanpa sengaja menjadi saksi aksi ilegal yang mengerikan. Sayangnya, ia tertangkap basah, sehingga kedua pria itu menyuntikkan obat eksperimen buatan organisasi kriminal mereka, yang seharusnya membuatnya mati. Namun, alih-alih tewas, Shinichi justru terbangun kembali dalam tubuh seorang anak berusia tujuh tahun.
Meskipun berada dalam tubuh kecil, kecerdasan Shinichi tetap utuh. Ia pun menyembunyikan identitas aslinya dari semua orang, termasuk sahabat masa kecilnya Ran Mouri dan ayahnya, detektif swasta Kogorou Mouri. Untuk menutupi keberadaannya, ia mengadopsi nama samaran Conan Edogawa, terinspirasi dari penulis misteri Arthur Conan Doyle dan Ranpo Edogawa.
Sebagai Conan, Shinichi diam-diam menyelesaikan kasus‑kasus yang ditangani senior Mouri dengan keahlian detektifnya yang tetap tajam, sambil secara rahasia menyelidiki organisasi yang bertanggung jawab atas perubahan tubuhnya, berharap suatu hari dapat mengembalikan dirinya ke keadaan semula.
