Tiga puluh tahun lalu, kemunculan makhluk asing invasif yang tak dikenal hampir mengakhiri dunia. Sejak saat itu, umat manusia dan makhluk-makhluk yang disebut Invasion Species terus berseteru memperebutkan wilayah hidup. Walau keamanan manusia masih tergenggam tipis, dunia tetap berada di ambang kehancuran. Di tengah ancaman kematian dan kehancuran yang tak kunjung reda, orang‑orang tetap menjalani hari‑hari mereka dengan menutup mata dari bahaya yang selalu mengintai.
Menanggapi situasi itu, Perserikatan Bangsa-Bangsa mendirikan EXCEEDS, sebuah organisasi yang ditugaskan menyelidiki dan melawan ancaman yang ditimbulkan oleh Invasion Species. Cerita dimulai di negara kepulauan di Timur Jauh, Mizuho, tempat Shiina Kuze, seorang pemburu muda yang membasmi spesies invasif, tinggal di sebuah pulau terpencil. Dengan keinginan hanya menjalani hidup tenang bersama satu-satunya keluarga—adik perempuannya, Setsuna—rutinitas Shiina terusik ketika sebuah insiden tak terduga terjadi, menjerumuskannya ke dalam konflik yang jauh lebih besar.
